平面设计应严格划分。对于有2~4个生物安全实验室的建筑物，应划分污染区域、半污染区域和清洁区域。建筑结构应特别加强，3级实验室应采用单层结构，4级必须采用。污染控制设计的动态隔离是核心。通风方式有两种：强力排风和全室换风。 强力排风可用通风柜(橱)，主要用于干法炭化、湿法消化、以及使用有毒有害气体和一些产生有毒有害气体的试验。
实验区域与办公区域分开，设备配件室和其他公共区域可置于两者中间；试剂存放室、气瓶室以及废液存放室不应设置于邻近办公区区域；对容易造成交叉污染又难于有效隔离的实验室，不宜设置在同一区域或邻近区域，大型精密仪器室按仪器的类型，一般分为光谱室、气相色谱室和液相色谱室。安装大型仪器的实验室，应安装专门的制冷设备，以保证室温和湿度的控制。
实验室在建设的过程中会遇到各种各样的问题，我们只能严格的按照相关的规定，才能避免在实验室建设过程中出现严重的问题。一般的规定：科学实验建筑设计必须执行国家现行有关安全、卫生、辐射防护、环境保护的法规和规定。还要考虑水力管道、水道方向的水力管道、环境的分离等。实验室的启动一般是繁琐的，因为实验室的用水要求和实际情况，以及特定的实验室或实验室环境存在很大差异。
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