实验室应设置门禁系统，避免无授权人员随意进入实验室区域。实验室应防火，对于有危险物品的实验室，电线、照明、插座等都要按防爆设计，实验室设计应符合消防规范。明确微生物实验室检测菌体以及检测标准和方法才能进行下一步的实验室设计与规划。菌体的不同，决定微生物实验室洁净度等级的不同。灭菌室主要用于培养基的灭菌和各种器具的灭菌，室内应备有高压蒸汽灭菌器、烘箱等灭菌设备及设施。
实验区域与办公区域分开，设备配件室和其他公共区域可置于两者中间；试剂存放室、气瓶室以及废液存放室不应设置于邻近办公区区域；实验室建设之全钢实验台的安装步骤：1.1 观察钢架的正、侧面，所有的钢架横梁方管的接缝焊接不可放在可视面，在钢架上标出柜体的高度或做一个与柜高度相同的靠栅。安全是实验室建设中首要考虑的要素，建设一个安全的实验室，需要在实验室设计，实验室装修选材和消防规划及标志标识这几个方面严格把关。
平面设计应严格划分。对于有2~4个生物安全实验室的建筑物，应划分污染区域、半污染区域和清洁区域。建筑结构应特别加强，3级实验室应采用单层结构，4级必须采用。污染控制设计的动态隔离是核心。通风方式有两种：强力排风和全室换风。 强力排风可用通风柜(橱)，主要用于干法炭化、湿法消化、以及使用有毒有害气体和一些产生有毒有害气体的试验。
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