实验室的室内环境，由于空间的结构划分已经确定，在界面处理、装饰布置、家具设置之前均应以其内部使用方便合理为依据进行布置。 按实验室的使用功能大致可分为：准备室（或前处理室）、分析室、仪器室、天平室、微生物室（或洁净室）、储藏室等。室内各界面以及家具陈设等材质的选用上，应考虑人们近距离、长时间视觉感受的舒适，甚至应考虑与肌肤接触等特性，要符合安全环保的原则及符合人体工程学原则。
平面设计应严格划分。对于有2~4个生物安全实验室的建筑物，应划分污染区域、半污染区域和清洁区域。建筑结构应特别加强，3级实验室应采用单层结构，4级必须采用。污染控制设计的动态隔离是核心。通风方式有两种：强力排风和全室换风。 强力排风可用通风柜(橱)，主要用于干法炭化、湿法消化、以及使用有毒有害气体和一些产生有毒有害气体的试验。
一级生物安全防护实验室，实验室结构和设施、安全操作规程、安全设备适用于对健康成年人已知无致病作用的微生物，如用于教学的普通微生物实验室等。微生物实验室应选择在清洁安静的场所，远离生活区，锅炉与交通要道，微生物实验室应选择在光线充足，通风良好的场所，要与实验室其他区域，如饮水间、卫生间等区域有一定的距离。
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